L'estudiant fugitiu Ninja Hayate

Hayate Shinobu no és el teu alumne habitual de 3r; és un ninja fugitiu que segueix transferint escoles per escapar dels que el persegueixen.
Si és atrapat, l'únic que l'espera és la mort.

D'altra banda, per als perseguidors, l'única manera de compensar el fracàs en la seva missió és també la mort.
El professor de l'aula d'Hayate també és un ninja, i ha decidit executar Hayate per protegir el codi ninja, malgrat les objeccions del Consell d'Educació i la seva pròpia angoixa per això.

Hayate ha de superar nombroses dificultats en la seva recerca de ser un estudiant normal de primària.