El primer dia de secundària, Haruhi Suzumiya va fer un anunci que va sorprendre a tothom: “No tinc cap interès per la gent normal. Si algú d'aquí és un extraterrestre, viatger en el temps, lliscant o Esper, si us plau, vine a veure'm! Això és tot.” La Kyon, una humana totalment normal que passa a tenir la desgràcia d'asseure's a l'escriptori davant d'en Haruhi, es va preguntar al principi si estava fent broma. Però Haruhi Suzumiya sempre parla seriosament. Sempre. En qualsevol cas, Kyon, sens dubte, mai va tenir la intenció d'implicar-se en les seves travessias. Però quan una conversa casual li dóna accidentalment a Haruhi la idea de formar un club dedicat al descobriment i la investigació de fenòmens misteriós, Kyon es troba ja al capdavant, sobretot quan Haruhi el converteix en el seu primer recluta. Altres membres del club inclouen Nagato Yuki, una noia tranquil·la i llibresca; Mikuru Asahina, una noia massa adorable escollida per Haruhi per ser la "mascota" del club; i Koizumi Itsuki, un nen sempre somrient escollit per Haruhi per interpretar el paper de "misteriós estudiant de transferència". I així neix la Brigada SOS! Les coses només es tornen més estranyes i difícils per a Kyon, però, quan descobreix que la Haruhi, sense saber-ho, s'ha envoltat de les mateixes persones que ha desitjat descobrir durant tot aquest temps: Nagato Yuki és en realitat un extraterrestre, Asahina Mikuru és una viatgera del temps i Koizumi. Itsuki és un Esper! I per què han aparegut totes aquestes persones en primer lloc? Per què, per a Haruhi, és clar! Fa tres anys, Haruhi va causar algun tipus de pertorbació que cadascun d'ells considera que val la pena investigar. I Kyon, pel motiu que sigui, sembla ser l'únic "normal" de tot el grup. La seva pregunta més gran: per què ell?
