Negi Springfield, un mag de 10 anys, aspira a convertir-se finalment en un "Magister Magi", un mag en particular que, sota l'aparença d'operar sota una ONG, utilitza els seus poders per ajudar persones corrents. Després de graduar-se a l'Acadèmia de Màgia Merdiana de Gal·les, se li podria delegar la feina d'ensenyar anglès a l'escola secundària, on el seu curs escolar consta de 31 filles, cadascuna molt particular a la seva manera de Mahora Academy. L'espectacle detalla les experiències i el seu temps al Japó mentre els ajuda en els seus problemes, aconsegueix l'aprovació i el respecte dels seus alumnes i s'enfronta als perills màgics tant des de dins com de fora de l'Acadèmia Mahora. La principal relació de Negi és amb Asuna Kagurazaka, companya d'habitació i el seu alumne, a qui no li agrada inicialment, però després el reconeix com a amic i es converteix en la seva companya, tot i que totes les dones tenen la seva pròpia història i caràcter. També busca el seu pare que es diu els Mil Mestres.
Tot i que inicialment semblava una altra obra de comèdia romàntica amb nombrosos personatges de bish?jo com Love Hina, l'espectacle ha avançat directament en una barreja de romanç sh?nen, fantasia, terror, acció i comèdia. Akamatsu va dir que volia especialment fer alguna cosa "diferent" de Love Hina. El mateix Negi és prepúber, i diverses de les seves escenes amb Asuna són variacions úniques de la tendència de l'"escena romàntica incòmoda" del manga harem, desactivades immediatament i reproduïdes per riure. A més, moltes de les noies no són incapaces d'adular-lo en un sentit infantil sense expectatives íntimes en el lector [estudi que és únic?]
En mantenir aquesta moda particular, el mateix Negi es considera altres personatges masculins típics del manga, així com una comparació amb Keitaro Urashima de Love Hina. És treballador, competent i tractat amablement, però a causa de la seva aparença i edat (molt per sota de la majoria dels seus alumnes), se sent totalment no amenaçador i li costa ser pres seriosament com a professor; diversos dels seus alumnes el tracten com un nen petit astut, si no un company de jocs (o un joc)
