Resum
L'any 2032, la Terra pateix una invasió sobtada de forces alienígenes. Van passar dinou anys després d'aquell esdeveniment, i amb el caos governant el món, l'única manera de rescatar el món de la destrucció total és sobreviure i lluitar contra aquells que obliguen la Terra a l'aniquilació completa.
Black Rock Shooter (al joc una "arma viva" designada amb el nom de BRS), té la responsabilitat de protegir la humanitat, posseint les habilitats per lluitar contra els invasors com a arma definitiva. Ella emergeix de les ruïnes de San Francisco i és testimoni d'una acumulació de tropes supervivents que es converteix en el seu suport durant tota la seva missió.